1961 yılında Konya Seydişehir’de dünyaya gelen Mustafa Şahin, Yeniceköy İlkokulunu 1972 yılında bitirdi. Seydişehir Mahmut Esat Ortaokulu’ndan sonra başladığı İstanbul Fatih İmam Hatip Lisesi'nden 1980 yılında mezun oldu. 1980-1981 eğitim öğretim yılında ODTÜ İnşaat Mühendisliği İngilizce Hazırlık Bölümünde okudu. 1981 yılında başladığı Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi'nden 1987 yılında mezun oldu. 1988-1993 yılları arasında Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Genel Cerrahi Ana bilim dalında ihtisas yaptı. 1988 ve 1993 yılları arasında Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı'nda araştırma görevlisi olarak çalıştı. 1993 ve 1994 yıllarında Mecburi Hizmet kapsamında Artvin Devlet Hastanesi Genel Cerrahi Uzmanı olarak görev yaptı. Ankara Numune Hastanesi 4. Cerrahi Kliniğinde Başasistan olarak 1994-1995 yılları arasında çalıştı. 1996 yılından itibaren Selçuk Üniversitesi Genel Cerrahi Kliniğinde göreve başladı. 1997'de aynı üniversitede yardımcı doçent oldu. 2000 yılında Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde Doçentlik unvanını aldı. 2005 yılında Selçuk Üniversitesi Meram Tıp Fakültesinde Profesör unvanını aldı. 2008 yılında Selçuk Üniversitesi Selçuklu Tıp Fakültesi hastanesinde kurucu başhekim olarak görev aldı. 2008'den bu yana Selçuk Üniversitesi Selçuk Tıp Fakültesi'nde öğretim üyesi olan Şahin, 2016 yılında Selçuk Üniversitesi'ne rektör olarak atandı. 2020 yılında rektörlük görevini Prof. Dr. Metin Aksoy'a devretti. Evli ve üç çocuk babası olan Prof. Dr. Mustafa Şahin İngilizce ve Arapça bilmektedir.