Tezli Yüksek Lisans için:
Lisans derecesine sahip olmak ve ilânda yazılı süre içinde ilgili enstitüye başvurmak gerekir. Tezli yüksek lisans programlarına başvuran adaylardan yazılı bilim sınavına alınacakların sayısı, ilan edilen kontenjanın dört katı ile sınırlandırılır. Sınava alınacak adaylar, ALES puanın %50'si ile lisans mezuniyet ağırlıklı not ortalamasının %25‘inin toplamı alınarak belirlenir. ALES şartı aranmayan anabilim dallarında sınava alınacak adayların belirlenmesinde lisans mezuniyet ağırlıklı not ortalaması esas alınır. Adayların başvurduğu programın puan türünde, en az 55,00 ALES ve Yükseköğretim Kurulu Başkanlığı tarafından eşdeğerliliği kabul edilen sınav puanına sahip olmaları gerekir. Tezli yüksek lisans programlarına başvuran adaylardan, ALES puanının %50’si, lisans mezuniyet ağırlıklı not ortalamasının %25’i, yazılı bilim sınavı veya anabilim dalı programlarında sanat-kültür sınavı notunun %25’inin toplamının alınmasıyla öğrencinin başarı puanı tespit edilir. Elde edilen puanlar en yüksekten başlanarak kontenjan dâhilinde sıralanır. Yazılı bilim sınavı notu 50,00’nin altında olanlar değerlendirmeye alınmaz. Lisansüstü bilim sınavlarını yapmak üzere, anabilim dalı kurulunun önerisi ile enstitü yönetim kurulunca belirlenecek üç asıl ve iki yedek üyeden meydana gelen bir jüri oluşturulur. Yazılı bilim sınavı, oluşturulan jüri tarafından yapılır. Başarı notu hesaplanırken eşit toplam not sahibi olanlar arasında önceliğin belirlenmesinde, sırasıyla ALES puanı ve lisans mezuniyet ağırlıklı not ortalaması göz önüne alınır.
Doktora için:
Adayların tezli yüksek lisans derecesine, bütünleştirilmiş doktora için lisans derecesine, hazırlık sınıflarında geçen süre hariç olmak üzere en az 10 yarıyıl süreli eğitim yapan fakültelerden mezunlar ile Sağlık Bakanlığınca düzenlenen esaslara göre bir laboratuvar dalında kazanılan uzmanlık yetkisine sahip olmaları ve ilânda belirtilen süre içinde Fen Bilimleri Enstitüsüne başvurmaları gerekir. Adayların; başvurduğu program için gerekli olan ALES puan türünden en az 55 puan almış olması gerekir. Bütünleştirilmiş doktora programına başvuran adaylar için gerekli ALES puanı en az 80’dir. Öngörülen ALES puanları Senato tarafından artırılabilir. Ancak; doktora/sanatta yeterlik/tıpta uzmanlık/diş hekimliğinde uzmanlık/veteriner hekimliğinde uzmanlık/eczacılıkta uzmanlık mezunlarının doktora programlarına başvurularında ALES şartı aranmaz ve bu adayların değerlendirme işlemleri için; 1) Mezun olduğu lisansüstü programa girişteki puan türü veya uzmanlık alanı dikkate alınmaksızın, ALES puanı 60 olarak değerlendirilir. 2) Bu adaylar daha önceden aldığı puan türü veya doktora/sanatta yeterlik/uzmanlık alanından, farklı bir alanda başvuru yapabilir. 3) (1) numaralı alt bentte belirlenmiş olan puan, puan türüne bakılmaksızın ALES puanı olarak hesaplamalara dâhil edilir. Bütünleştirilmiş doktora programına başvuran adayların kabul edilebilmesi için lisans mezuniyet ağırlıklı not ortalamasının 4,00 üzerinden en az 3,50 olması gerekir. Transkript notu yüzlük sisteme göre düzenlenmiş olan öğrencilerin notları, Yükseköğretim Kurulunun hazırladığı not dönüşüm tablosuna göre dörtlük nota dönüştürülür. Doktora programına öğrenci kabulünde, aday anadili dışında İngilizce, Almanca, Fransızca, İtalyanca, İspanyolca, Rusça, Arapça, Çince, Japonca, Farsça dillerinden birinden merkezi yabancı dil sınavından en az 55 puan veya ÖSYM tarafından kabul edilen uluslararası bir sınavdan bu puan muadili bir puan almış olmalıdır. Bu puanların girilecek programların özelliklerine göre yükseltilmesi konusunda Senato yetkilidir. Doktora programlarına başvuran adaylardan yazılı bilim sınavına alınacakların sayısı, ilan edilen kontenjanın dört katı ile sınırlandırılır. Sınava alınacak adaylar, ALES puanının %50'si ile yüksek lisans mezuniyet ağırlıklı not ortalamasının %25‘inin toplamı alınarak belirlenir. Bütünleştirilmiş doktora için başvuran lisans mezunları ile lisans derecesinde hazırlık sınıflarında geçen süre hariç olmak üzere en az 10 yarıyıl süreli eğitim yapan fakültelerden mezunlar ve Sağlık Bakanlığınca düzenlenen esaslara göre bir laboratuvar dalında kazanılan uzmanlık yetkisine sahip adaylar ALES puanının %50’si ile lisans mezuniyet ağırlıklı not ortalamasının %25’inin toplamı alınarak belirlenir. ALES şartı aranmayan anabilim dallarında sınava alınacak adayların belirlenmesinde yüksek lisans bitirme ortalaması esas alınır. Doktora programına başvuran adaylardan % 50’den az olmamak koşuluyla ALES puanının, yüksek lisans, bütünleştirilmiş doktora için lisans mezuniyet ağırlıklı not ortalamasının ve yazılı bilim sınavı notunun hangi oranda toplam nota etkili olacağı ve adayın kabulü için gerekli en düşük başarı notu Senato tarafından belirlenir. Anabilim dalı kurulunun önerisi, enstitü yönetim kurulunun uygun görmesi ve Senato kararı ile asgari ALES puanı ve asgari başarı notu artırılabilir. Hazırlık sınıflarında geçen süreler hariç olmak üzere, en az 10 yarıyıl süreli eğitim yapan fakültelerden mezunlar için yüksek lisans mezuniyet ağırlık not ortalaması yerine lisans mezuniyet ağırlıklı not ortalaması dikkate alınır. Bir lisans programından mezun olup yüksek lisans derecesine sahip olmayan, ancak Sağlık Bakanlığınca düzenlenen esaslara göre bir laboratuvar dalında kazanılan uzmanlıkları olanların, uzmanlık notu yerine lisans mezuniyet ağırlıklı not ortalaması esas alınır. Başarı notu hesaplamasında eşit toplam not sahibi olanlar arasında önceliğin belirlenmesinde, tercih sırasıyla; ALES puanı ve lisans (bütünleşik doktorada) veya yüksek lisans (doktorada) mezuniyet ağırlıklı not ortalaması dikkate alınır.