Selçuk Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2457 sayılı Yükseköğrenim Kanununun çeşitli hükümleri ve Yükseköğretim Kurumları Teşkilatları hakkındaki 41 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile 20 Temmuz 1982 tarihinde Rektörlüğe bağlı olarak kurulmuştur. Kuruluşunu 1984 yılında tamamlayan Selçuk Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, lisansüstü düzeyde eğitim ve öğretimi gerçekleştirmek amacıyla faaliyetine ilk defa, Üniversitemiz bünyesindeki Tıp ve Veteriner Fakültelerindeki Anabilim ve Bilim dallarına ait programlarda 1985-1986 Eğitim-Öğretim yılı Güz döneminde öğrenci alarak başlamıştır. Enstitünün İlk Müdürü Prof. Dr. Asım DUMAN'dır.

Bugün Sağlık Bilimleri Enstitüsünde, Tıp Fakültesi, Diş Hekimliği Fakültesi, Veteriner Fakültesi, Sağlık Bilimleri Fakültesi ve Spor Bilimleri Fakültesi bünyesindeki Anabilim Dallarına ait farklı programlarda Doktora, Yüksek Lisans ve Tezsiz Yüksek Lisans eğitimi yürütülmekte ve koordine edilmektedir. Sağlık Bilimleri Enstitüsüne bağlı toplam 60 Anabilim Dalı bulunmaktadır. Enstitümüzde toplam 47 Doktora, 48 Yüksek Lisans, 7 Tezsiz Yüksek Lisans programlarında lisansüstü eğitim öğretim faaliyetleri yürütülmektedir. Enstitümüz Anabilim Dallarında çok sayıda öğretim üyesi ilgili derslerin sorumluluğunu ve öğrencilerimizin danışmanlıklarını sürdürmektedirler. Enstitümüz bünyesinde, Tıp, Diş hekimliği ve Veteriner Fakültelerinin temel ve klinik bilimlerinde birçok anabilim dalları ile hemşirelik anabilim dallarında olmak üzere toplam 18 adet araştırma görevlisi bulunmaktadır. Hali hazırda Enstitü Müdürlüğü görevini; Tıp Fakültesi Biyokimya Anabilim Dalı Öğr. Üyesi Prof. Dr. Fatma Hümeyra YERLİKAYA AYDEMİR, Müdür Yardımcılığı görevlerini ise, Tıp Fakültesi Tıbbi Biyokimya Anabilim Dalı Öğr. Üyesi Prof.Dr.Esma MENEVŞE ile Veteriner Fakültesi Farmakoloji ve Toksikoloji  Anabilim Dalı Öğr. Üyesi Prof. Dr. Kamil ÜNEY yürütmektedir. Enstitü Sekreterliği görevini ise Zeynep AKIN ÖNDER üstlenmektedir.