Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi, 11 Nisan 1975 tarihinde kurulmuştur. Botanik, Zooloji, Matematik, Fizik Mühendisliği, Jeoloji Mühendisliği ve Kimya Mühendisliği bölümlerinden oluşan Fen Fakültesi, 1976-1977 eğitim-öğretim yılında ilk öğrencilerini alarak eğitim-öğretim faaliyetine başlamıştır. Üniversitemiz bünyesinde 1982 yılında Mühendislik Fakültesi’nin kurulmasıyla birlikte, fakültemizdeki Fizik Mühendisliği, Jeoloji Mühendisliği ve Kimya Mühendisliği bölümleri ayrılarak Mühendislik-Mimarlık Fakültesi’ne bağlanmıştır.

28 Mart 1983 tarihinde Fen Fakültesi ile Edebiyat Fakültesi birleştirilerek Fen-Edebiyat Fakültesi adını almıştır. 1984 yılında Fizik ve Kimya bölümleri, 1997 yılında ise İstatistik Bölümü açılmıştır. 2005 yılında Montana State Üniversitesi (ABD) ile ortak çift diplomalı Biyokimya (Seçmeli Kimya) Bölümü, yeni bir bölüm olarak eğitim-öğretim faaliyetine başlamıştır. Fakültemiz, 03.12.2008 tarihine kadar Fen-Edebiyat Fakültesi adıyla varlığını sürdürmüştür. Daha sonra, 03.12.2008 tarih ve 27073 sayılı Resmî Gazete’de yayımlanan 10.11.2008 tarih ve 2008/14344 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı (KHK) ile ayrılarak Fen Fakültesi olarak eğitim-öğretim faaliyetlerine devam etmiştir. 2013 yılında Biyokimya, 2014 yılında ise Aktüerya Bilimleri ve Biyoteknoloji bölümleri kurulmuştur.

Üniversitemizin en köklü fakültelerinden biri olan Fen Fakültesi, bugün itibarıyla Aktüerya Bilimleri, Biyokimya, Biyoloji, Biyoteknoloji, Fizik, İstatistik, Kimya ve Matematik olmak üzere toplam 8 bölümü bünyesinde barındırmaktadır. Fakültemizde, halen 1732 lisans öğrencisi, 313 yüksek lisans ve 115 doktora öğrencisi olmak üzere toplam 2160 öğrenci, 161 akademik personel ve 39 idari personel ile eğitim-öğretim ve araştırma faaliyetlerine devam edilmektedir.