Güneysınır Meslek Yüksekokulu, ara insan gücü açığının kapatılmasına katkı sağlaması amacıyla, 1993-1994 eğitim-öğretim döneminde "Harita ve Kadastro Programı" ile Güneysınır Belediyesi tarafından tahsis edilen eski belediye binasında eğitim öğretime başlamıştır.

1993-2002 yılları arasında Harita ve Kadastro Programı ile eğitim öğretim yaptığı binadan 2002-2003 öğretim yılında şu anda kullanılan yeni binasına taşınmıştır. 2002-2003 eğitim-öğretim yılında "Bilgisayar Teknolojisi ve Programlama" ve "Bilgisayar Destekli Tasarım" programları açılmıştır.

Yeni bina açılışı 03.06.2003 tarihinde yapılmıştır. 2004-2005 eğitim öğretim yılında itibaren Bilgisayar Destekli Tasarım Programı Çumra M.Y.O. Makina Programı ile birleştirilmiştir. 2013-2014 eğitim öğretim yılında "Bilişim Güvenliği Teknolojisi" programı açılmıştır. Tapu ve Kadastro programı ise 2018-2019 eğitim ve öğretim yılında açılmıştır.

Güneysınır Meslek Yüksekokulu halen Harita ve Kadastro, Tapu ve Kadastro ile Bilişim Güvenliği Teknolojisi Programı olmak üzere üç programda eğitim-öğretime devam etmektedir.