22 Kasım 2001 tarih ve 24591 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 2011/3216 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Selçuk Üniversitesi Rektörlüğü bünyesinde mevcut olan Tıp Fakültesi’nin adı Meram Tıp Fakültesi olarak değiştirilmiş ve Selçuk Üniversitesi Rektörlüğü’ne bağlı olarak Selçuklu Tıp Fakültesi adıyla ikinci bir tıp fakültesi kurulmuştur. Bu karar fakültemizin kuruluş kararıdır. Yani ilk adımız “Selçuk Üniversitesi Selçuklu Tıp Fakültesi”dir. 6 Eylül 2002 tarihinde fakülteye Prof.Dr. M.İ.Safa Kapıcıoğlu dekan olarak atanmış, 2 Şubat 2004’e kadar bu görevde kalmıştır. Fakülte ilk öğrencilerini 2002 yılında almış, bu öğrenciler Meram Tıp Fakültesi öğrencileri ile birlikte Meram Tıp Kampüsü’nde eğitim almışlardır.

19 Nisan 2007’ye kadar Prof.Dr. Kemal Gündüz dekanlık görevinde bulunmuştur. Bir müddet dönemin rektörü Prof.Dr. Süleyman Okudan vekaleten bu görevi üstlenmiştir.

13 Ağustos 2008’de dekanlık görevine atanan Prof.Dr. A.Kağan Karabulut döneminde fakültenin fiziki yapılanması sürecinin hız kazanması neticesinde 2009 ders yılında fakültede eğitim verilmeye başlanmıştır.

6 Kasım 2011’de görev süresinin dolması neticesinde Prof.Dr. Serdar Göktaş vekaleten dekanlık görevine atanmıştır.

27 Aralık 2011’de Meram Tıp Fakültesi’nin Selçuk Üniversitesi’nden ayrılıp başka bir üniversiteye bağlanmasıyla Selçuklu Tıp Fakültesi Selçuk Üniversitesi’nin tek tıp fakültesi olmuştur.

10 Eylül 2012 tarih ve 28407 tarihli Resmi Gazete’de yayımlanan 2012/3639 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile fakültenin ismindeki “Selçuklu” ibaresi kaldırılmıştır.

2013 yılı başında Ulusal Tıp Eğitimi Akreditasyon Kurulu (UTEAK)’na tıp eğitimi akreditasyon başvurusu yapılmış,

2015 yılı itibariyle fakülte 6 yıllığına akredite edilmiştir.

21.01.2016 - 21.07.2020 tarihleri arasında  Prof. Dr. Serdar GÖKTAŞ dekanlık görevini yürütmüştür.

21.07.2020'de Prof. Dr. Yavuz SELVİ dekan olarak göreve gelmiştir.