Fen Bilimleri Enstitüsü’nün stratejik amaç ve hedefleri eğitim, araştırma, insan kaynakları ve kurumsallaşma, paydaşlarla ilişkiler, uluslararası ilişkiler olmak üzere beş ana başlık altında belirlenmiştir. Bu kapsamda yapılacak faaliyetlerin amacı nitelikli öğretim elemanı ve öğrenci yetiştirmek, nitelikli bilimsel yayın ve proje sayısını artırmak, araştırma çıktılarını toplumsal ve ekonomik faydaya dönüştürmek, paydaşlarla ilişkileri güçlendirerek makro ve mikro düzeyde politika kararlarında faydalı olabilecek faaliyetler yürütmektir. FBE’nin stratejik amaç ve hedefleri detaylı olarak aşağıda verilmiştir.

Stratejik Amaç Stratejik Hedef

Eğitim-Öğretim niteliğini arttırmak
 Öğretim düzeyini geliştirmek ve sürdürülebilirliğini
sağlamak
 Ulusal düzeyde eğitim başarı düzeyini yükseltmek
 Enstitüyü başarılı öğrenciler için tercih edilir düzeye
getirmek
 Çok disiplinli çalışmaları teşvik etmek

Uluslararası İlişkileri Geliştirmek
 Uluslararası bilimsel etkinliklere katılımı teşvik etmek
 İlgili Uluslararası kuruluşlarla işbirliğini güçlendirmek