Fen Bilimleri Enstitüsünün misyonu; temel bilimler, mühendislik ve teknoloji alanlarında, nitelikli öğretim üyesi ve araştırmacı yetiştirilmesine öncülük etmek, bunun için eğitim programlarının sürekli geliştirilmesini, değerlendirilmesini ve etkin olarak yürütülmesini sağlamak, tüm programlarında eğitim kalitesinin yükseltilmesi için çalışmalar yapmak, ulusal (sanayi ve diğer sektörler) ve uluslararası ortak araştırma faaliyetlerini ve proje çalışmalarını desteklemek, bu amaç doğrultusunda yeni programlar açmak, yapılacak tez çalışmaları ile ülkemiz ve dünya bilimi ile teknolojisine katkı sağlamayı teşvik etmektir.